Classification biologique

La hiérarchie de la diversité biologique classement de huit grands rangs taxonomiques. Classements intermédiaires mineures ne sont pas représentés.

Classification biologique, ou le classement scientifique en biologie, est un procédé par lequel biologistes groupe et classer les organismes par Type biologique, tel genre ou espèce . Classification biologique est une forme de taxonomie scientifique.

Classification biologique moderne a sa racine dans le travail de Carolus Linnaeus , qui a regroupé les espèces en fonction des caractéristiques physiques communes. Ces groupes ont depuis été révisé pour améliorer la cohérence avec le darwinienne principe de ascendance commune. Phylogénie moléculaire, qui utilise séquences d'ADN que les données, a entraîné de nombreuses révisions récentes et est susceptible de continuer à le faire. Classification biologique appartient à la science de la systématique biologiques.

Définition

La classification a été définie par Mayr comme «La disposition des entités dans une série hiérarchique de classes imbriquées, dans lequel les classes similaires ou connexes à un niveau hiérarchique sont combinés globalement en classes plus inclusives au niveau supérieur." Une classe est définie comme «une collection d'entités similaires", où la similitude se compose des entités ayant des attributs ou des traits en commun. Dans la classification biologique, les «classes» sont appelés «taxons» («taxon» singulier).

Ce qui rend la classification biologique différent des autres systèmes de classification (par exemple classer des livres dans une bibliothèque) est l'évolution: la similitude entre les organismes placés dans le même taxon ne est pas arbitraire, mais est plutôt le résultat de la descente partagée de leur ancêtre commun le plus proche. En conséquence, les attributs importants ou des traits pour la classification biologique sont ceux qui sont ' homologue ', ce est à dire hérité d'ancêtres communs. Ainsi les oiseaux et les chauves-souris ont tous deux la puissance de vol, mais cette similitude ne est pas utilisé pour les classer dans un taxon, car il ne est pas hérité d'un ancêtre commun. En dépit de toutes les autres différences entre eux, le fait que les chauves-souris et les baleines fois nourrissent leurs petits sur le lait est l'une des caractéristiques utilisées pour classer à la fois comme les mammifères, car il a été héritée d'un ancêtre commun.

Déterminer si les similitudes sont homologues ou non peut être difficile. Ainsi, jusqu'à récemment, taupes dorées, trouvées en Afrique du Sud, ont été placés dans le même taxon ( insectivores) que Hémisphère Nord moles , sur la base des similitudes morphologiques et comportementales. Cependant, l'analyse moléculaire a montré qu'ils ne sont pas étroitement liés, de sorte que leurs similitudes doivent être en raison de l'évolution convergente et non à la descendance commune, et ne devraient donc pas être utilisés pour les placer dans le même taxon.

Rangs taxonomiques

Une classification, tel que défini ci-dessus, est nécessairement hiérarchique. Dans une classification biologique, le rang est le niveau (la position relative) dans une hiérarchie. (Rarement, le terme «catégorie taxonomique" est utilisé à la place de «rang».) Il ya sept principaux rangs définis par l'international codes de la nomenclature: règne, embranchement / division, classe, ordre, famille, genre, espèce. "Domaine", un niveau supérieur royaume, est devenu populaire ces dernières années, mais n'a pas été accepté dans les codes.

Le rang le plus fondamental, ce est que des espèces , la prochaine est supérieur genre , puis famille. Rangs sont un peu arbritary, mais espèrent encapsuler la diversité contenue dans un groupe - une mesure approximative du nombre de diversifications que le groupe a vécu.

Le Code international de nomenclature zoologique définit rang, dans le sens de nomenclature, comme:

Le niveau, à des fins de nomenclature, d'un taxon dans une hiérarchie taxonomique (par exemple, toutes les familles sont à des fins de nomenclature au même rang, qui se trouve entre superfamille et sous-famille). Les rangs du groupe de la famille, le groupe du genre, et l' espèce groupe à laquelle taxons nominale peut être établie sont énoncés dans les articles 10.3, 10.4, 35.1, 42.1 et 45.1.

Il ya peu différents grades pour la zoologie et de botanique, dont les subdivisions telles que tribu.

Les premiers systèmes

Ancient travers l'époque médiévale

Les systèmes actuels de classification des formes de vie descendent de la pensée présentée par le philosophe grec Aristote , qui a publié dans son métaphysique fonctionne la classification d'abord connu de tout que ce soit, ou «être». Ce est le régime qui a donné des mots tels que «substance», «espèces» et «genre» et a été retenu sous une forme modifiée et moins générale par Linné .

Aristote a également étudié les animaux et les a classées selon la méthode de la reproduction, ainsi que Linné tard avec des plantes. La classification des animaux d'Aristote a finalement été rendue obsolète par des connaissances supplémentaires et oublié.

La classification philosophique est en bref comme suit: substance primaire est l'être individuel; par exemple, Peter, Paul, etc. substance secondaire est un prédicat qui peut correctement ou caractéristique dire d'une classe de substances primaires; par exemple, l'homme de Pierre, Paul, etc. La caractéristique ne doit pas être seulement dans l'individu; par exemple, étant homme de grammaire. Compétences grammaticales laisse la plupart de Pierre sortir et ne est pas caractéristique de lui donc. De même l'homme (toute l'humanité) ne est pas Peter; plutôt, il est dans l'homme.

Espèces est la substance secondaire qui est plus propre à ses individus. La chose la plus caractéristique qui peut être dit de Pierre, ce est que Peter est un homme. Une identité est postulé: «homme» est égal à toutes ses personnes et seules les personnes. Les membres d'une espèce ne diffèrent que nombreuses mais sont tout à fait du même type.

Genre est une substance secondaire moins caractéristique de et plus générale que les espèces; par exemple, l'homme est un animal, mais pas tous les animaux sont des hommes. Il est clair que un genre contient des espèces. Il n'y a pas de limite au nombre de genres aristotéliciennes qui pourraient être trouvés pour contenir les espèces. Aristote ne structure pas les genres dans embranchement, classe, etc., que la classification de Linné fait.

La substance secondaire qui distingue une espèce d'une autre dans un genre est la différence spécifique. L'homme ne peut donc être compris comme la somme des différences spécifiques (la «différentiation» de la biologie) dans les catégories de moins en moins généraux. Cette somme est la définition; par exemple, l'homme est un être animé, substance rationnelle sensate. La définition la plus caractéristique contient les espèces et la prochaine genre le plus général: l'homme est un animal raisonnable. Définition repose donc sur le problème de l'unité: l'espèce est, mais on a encore beaucoup de différentiation.

Les tout premiers genres sont les catégories. Il ya dix: une question de fond et neuf des «accidents», universaux qui doit être "dans" une substance. Substances existent par eux-mêmes; accidents ne sont en eux: quantité, qualité, etc. Il ya la catégorie ne est pas supérieur, «être», en raison du problème suivant, qui n'a été résolu dans les Moyen Age par Thomas d'Aquin : une différence spécifique ne est pas caractéristique de son genre. Si l'homme est un animal raisonnable, alors la rationalité ne est pas une propriété des animaux. Substance ne peut donc pas être une sorte d'être car elle peut avoir aucune différence spécifique, qui devrait être non -être.

Le problème d'être occupé l'attention des scolastiques pendant le temps du Moyen Age. La solution de St. Thomas, appelé l'analogie de l'être, a créé le domaine de la ontologie, qui a reçu la plus grande partie de la publicité et a également attiré la ligne entre la philosophie et la science expérimentale. Ce dernier a augmenté dans la Renaissance de la technique pratique. Linnaeus, un érudit classique, combiné les deux sur le seuil de la renaissance néo-classique maintenant appelé le siècle des Lumières .

Renaissance par âge de raison

Une avancée importante a été faite par le professeur suisse, Conrad von Gesner (1516-1565). Le travail de Gesner était une compilation critique de la vie connu à l'époque.

L'exploration des parties de la Nouveau Monde par les Européens a produit un grand nombre de nouvelles plantes et les animaux qui devaient descriptions et classification. Les anciens systèmes, il était difficile d'étudier et de localiser tous ces nouveaux spécimens dans une collection et souvent les mêmes plantes ou animaux ont reçu des noms différents tout simplement parce qu'il y avait trop d'espèces à garder la trace. Il fallait un système qui pourrait regrouper ces spécimens ensemble afin qu'ils pourraient être trouvées; le système binomial a été élaboré en fonction de morphologie avec des groupes ayant les apparences similaires. Dans la dernière partie du 16e siècle et au début du 17e, une étude attentive des animaux a commencé, qui, dirigé premier à types familiers, a été progressivement étendue jusqu'à former un corps de connaissances suffisant pour servir une base anatomique pour la classification. Les progrès dans l'utilisation de ces connaissances pour classer les êtres vivants ont une dette de recherche de anatomistes médicaux, tels que Fabricius (1537-1619), Petrus Séverin (1580-1656), William Harvey (1578-1657), et Edward Tyson (1649-1708). Les progrès de la classification due au travail de entomologistes et le premier microscopistes est due à la recherche de gens comme Marcello Malpighi (1628-1694), Jan Swammerdam (1637-1680), et Robert Hooke (1635-1702). Seigneur Monboddo (1714-1799) était l'un des penseurs abstraits premières dont les œuvres illustrent connaissance des relations d'espèces et qui préfigurait la théorie de l'évolution ..

Premiers méthodistes

Depuis la fin du 15ème siècle, un certain nombre d'auteurs était devenu soucieux de ce qu'ils appelaient methodus, (méthode). Par la méthode auteurs entendent un arrangement de minéraux, les plantes et les animaux selon les principes de la division logique. Les méthodistes terme a été inventé par Carolus Linnaeus dans son Bibliotheca Botanica pour désigner les auteurs qui se soucient les principes de classement (à la différence des simples collectionneurs qui portent essentiellement sur la description des plantes payer peu ou pas d'attention à leur disposition en genres, etc.). Premiers méthodistes importants étaient italienne philosophe, médecin et botaniste Andrea Caesalpino, naturaliste anglais John Ray, médecin et botaniste allemand Augustus Quirinus Rivinus, et en français médecin, botaniste et voyageur Joseph Pitton de Tournefort.

Andrea Caesalpino (1519-1603) dans son De plantis libri XVI (1583) a proposé le premier arrangement méthodique de plantes. Sur la base de la structure de tronc et il a divisé la fructification des plantes en quinze genres "supérieurs".

John Ray (1627-1705) était un naturaliste anglais qui a publié d'importants travaux sur les plantes, les animaux et la théologie naturelle. L'approche qu'il a pris pour la classification des plantes dans son Histoire des plantes est une étape importante vers la taxonomie moderne. Ray a rejeté le système de la division dichotomique par lequel les espèces ont été classées selon une, soit / ou d'un système de type pré-conçu, et au lieu classés plantes selon les similitudes et les différences qui ont émergé de l'observation.

Les deux Caesalpino et Ray utilisaient des noms de plantes traditionnelles et donc, le nom d'une plante ne reflètent pas sa position taxonomique (par exemple, même si la pomme et de la pêche appartenait à différents genres "supérieurs" de la methodus de John Ray, à la fois retenu leurs noms traditionnels et Malus Malus Persica respectivement). Une autre étape a été franchie par Rivinus et Pitton de Tournefort qui a fait genre un rang distinct au sein de la hiérarchie taxonomique et introduit la pratique de nommer les plantes selon leurs genres.

Augustus Quirinus Rivinus (1652-1723), dans sa classification des plantes basés sur les personnages de la fleur , introduit la catégorie des afin (correspondant aux genres «supérieur» de John Ray et Andrea Caesalpino). Il fut le premier à abolir l'ancienne division de plantes en des herbes et des arbres et ont insisté pour que la vraie méthode de la division devrait être basée sur les parties du fructification seul. Rivinus largement utilisé clés dichotomiques pour définir les deux ordres et des genres. Sa méthode de nommer les espèces végétales ressemblait à celle de Joseph Pitton de Tournefort. Les noms de toutes les plantes appartenant au même genre devraient commencer avec le même mot (nom générique). Dans les genres contenant plus d'une espèce de la première espèce a été nommé avec le nom générique seulement, tandis que le deuxième, etc., ont été nommés avec une combinaison du nom générique et un modificateur (differentia fascicule).

Joseph Pitton de Tournefort (1656-1708) introduit une hiérarchie encore plus sophistiquée de la classe, section, genre et espèces. Il était le premier à utiliser systématiquement les noms des espèces uniformément composés qui consistaient d'un nom générique et un diagnostic phrase differentia specifica nombre libellée. Contrairement Rivinus, il a utilisé differentiae avec toutes les espèces de genres polytypique.

Linné

Carolus Linnaeus grande œuvre de la Systema Naturae (1re éd. 1735), a couru à travers douze éditions de son vivant. Dans ce travail, la nature a été divisée en trois royaumes: minéral, végétal et animal. Linnaeus utilisé cinq grades: classe, ordre, genre, espèce et variété.

Il a abandonné longs noms descriptifs de classes et les ordres et les noms génériques de deux mots (par exemple, Trifolium repens) encore utilisé par ses prédécesseurs immédiats (Rivinus et Pitton de Tournefort) et les remplacer par des noms d'un seul mot, à condition genres avec diagnostics détaillés (caracteres de naturales), et réduit de nombreuses variétés à leur espèce, sauvant ainsi la botanique du chaos de nouvelles formes produites par horticulteurs.

Linnaeus est surtout connu pour son introduction de la méthode encore utilisée pour formuler le nom scientifique de chaque espèce. Avant de Linné, de nombreux longs-rédigé noms (composées d'un nom générique et un differentia specifica) avaient été utilisés, mais que ces noms ont donné une description de l'espèce, ils ne ont pas été fixée. Dans sa Philosophia Botanica (1751) Linnaeus a pris tous les efforts pour améliorer la composition et de réduire la longueur des noms de nombreux-rédigé par l'abolition de la rhétorique inutiles, l'introduction de nouveaux termes descriptifs et la définition de leur sens avec une précision sans précédent. À la fin des années 1740 Linnaeus a commencé à utiliser un système parallèle de nommer les espèces avec nomina trivialia. Nomen triviale, un nom trivial, est une épithète à un ou deux mots placés sur la marge de la page suivante pour les nombreux non formulée "scientifique" nom. Les seules règles qui leur sont appliquées Linnaeus était que les noms triviaux doivent être courts, unique dans un genre donné, et qu'ils ne devraient pas être modifiés. Linnaeus appliquée uniformément trivialia de nomina aux espèces de plantes Species Plantarum (1ère éd. 1753) et les espèces d'animaux dans le 10e édition du Systema Naturae (1758).

En utilisant régulièrement ces épithètes spécifiques, Linnaeus séparé nomenclature de la taxonomie. Même si l'utilisation parallèle de nomina trivialia et bien-rédigé noms descriptifs a continué jusqu'à la fin du XVIIIe siècle, elle a été progressivement remplacé par la pratique d'utiliser des noms propres courts combinés du nom générique et le nom trivial de l'espèce. Au XIXe siècle, cette nouvelle pratique a été codifiée dans les premières règles et lois de la nomenclature et la 1ère éd. des espèces Plantarum et le 10e éd. de Systema Naturae ont été choisis comme points de départ pour la botanique et zoologique nomenclature respectivement. Cette convention de dénomination des espèces est appelée nomenclature binomiale .

Aujourd'hui, la nomenclature est régie par codes de la nomenclature, ce qui permet noms divisés en rangs taxonomiques.

Système moderne

Considérant que Linnaeus classés pour faciliter l'identification, l'idée de la taxonomie de Linné que traduire en une sorte de dendrogramme de l' animal - et Plante Royaumes a été formulée vers la fin du 18ème siècle, bien avant l' Sur l'origine des espèces a été publié. Parmi les premières œuvres qui explorent l'idée d'un transformation des espèces était Erasmus Darwin 1796 Zoonomia et Philosophie Zoologique de Jean-Baptiste Lamarck de 1809. L'idée a été popularisé dans le monde anglophone par la spéculation, mais largement lu Vestiges de l'histoire naturelle de la Création, publiées anonymement par Robert Chambers en 1844.

Avec la théorie de Darwin, une acceptation générale que la classification devrait refléter le principe darwinien de ascendance commune est vite apparue. Arbre de représentations de la vie est devenu populaire dans les ouvrages scientifiques, avec des groupes de fossiles connus incorporés. L'un des premiers groupes de fossiles d'être lié à un groupe existant était dinosaures , formellement nommés par Richard Owen en 1842. En utilisant les fossiles alors nouvellement découvertes de Archaeopteryx et Hesperornis, Thomas Henry Huxley prononcer les oiseaux descendants des dinosaures. La description qui en résulte, que des dinosaures "donnant lieu à" ou d'être "les ancêtres des« oiseaux, est la marque essentielle de pensée taxonomique évolutif. Comme de plus en plus de groupes de fossiles ont été trouvés et reconnus dans la fin du 19e et début du 20e siècle, les paléontologues ont travaillé pour comprendre l'histoire des animaux à travers les âges par des groupes de liaison ainsi connu avec le la synthèse évolutionniste moderne du début des années 1940, une compréhension essentiellement moderne de l'évolution des grands groupes était en place. La taxonomie de l'évolution étant basée sur les rangs taxonomiques de Linné, les deux termes sont largement interchangeables dans l'usage moderne.

Depuis les années 1960, une tendance appelée taxinomie cladistique (ou cladistics ou cladism) a vu le jour, l'organisation taxons dans un hiérarchique arbre de l'évolution, en ignorant rangs. Si un taxon comprend tous les descendants d'une forme ancestrale, il est appelé monophylétique. Les groupes qui ont des groupes descendants retirés d'eux (par exemple, des dinosaures , avec les oiseaux que le groupe de descendants) sont appelés paraphyletic, tandis que les groupes représentant plus d'une succursale de la arbre de vie (sciences) sont appelés polyphylétique. Un code de la nomenclature officielle, le Code international de Classification phylogénétique, ou PhyloCode pour faire court, est actuellement en cours de développement, destinée à traiter avec des noms de clades. Rangs linnéennes seront facultatives sous la PhyloCode, qui est destiné à coexister avec les codes actuels, fondées sur le grade.

Royaumes et domaines

De bien avant Linné, les plantes et les animaux ont été considérées comme séparées Royaumes. Linnaeus utilisé cela comme le premier rang, divisant le monde physique dans les royaumes végétales, animales et minérales. Les progrès de la microscopie fait classification des micro-organismes possibles, le nombre de royaumes augmenté, cinq et six-uni systèmes étant le plus commun.

Les domaines sont un phénomène relativement nouveau groupement. Le Classification phylogénétique a été inventé en 1990, mais pas généralement admis que plus tard. La majorité des biologistes utilisent le système 5-Uni, mais une importante minorité utiliser le système 3 de domaine. Une caractéristique principale du procédé à trois domaines est la séparation de Archaea et bactéries , auparavant regroupées dans les bactéries du royaume simples (un royaume aussi parfois appelé Monera). Par conséquent, les trois domaines de la vie sont conceptualisés comme des Archaea, Bactéries et Eucaryotes (comprenant le eucaryotes noyaux portant). Une petite minorité de scientifiques ajouter Archaea que sixième royaume, mais ne accepte pas la méthode de domaine.

Thomas Cavalier-Smith, qui a publié de nombreux ouvrages sur la classification des protistes, a récemment proposé que le Neomura, le clade qui regroupe les Archaea et Eukarya , aurait évolué à partir de bactéries , plus précisément de Actinobacteria. Son classement de 2004 traite les archéobactéries dans le cadre d'une sous-règne des bactéries Uni, ce est à dire qu'il rejette la Classification phylogénétique entièrement.

Identificateurs mondialement uniques pour noms

Il ya un mouvement au sein de la biodiversité informatique communauté pour fournir Identificateurs uniques dans la forme de Life Science Identifiers (LSID) pour tous les noms biologiques. Cela permettrait aux auteurs de citer des noms sans ambiguïté dans les médias électroniques et de réduire l'importance des erreurs dans l'orthographe des noms ou l'abréviation des noms d'autorité. Trois grandes bases de données de nomenclature (appelés nomenclateurs) ont déjà commencé ce processus, ce sont Index Fungorum, Indice noms International Plant et ZooBank. Autres bases de données, qui publient des données taxonomiques plutôt que de nomenclature, ont également commencé à utiliser LSIDs à identifier les taxons. L'exemple clé de ceci est Catalogue of Life. La prochaine étape dans l'intégration sera quand ces bases de données taxonomiques incluent des références aux bases de données de nomenclature à l'aide LSIDs.