Analiza długości fragmentów restrykcyjnych
Z Wikipedii
 |
Zasugerowano, aby ten artykuł zintegrować z artykułem RFLP. |
Analiza długości fragmentów restrykcyjnych jest metodą inżynierii genetycznej wykorzystującą polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP). W metodzie tej wykorzystuje się trawienie DNA za pomocą enzymów restrykcyjnych i elektroforezę. Już zmiana pojedynczego nukleotydu w sekwencji rozpoznawanej przez enzym spowoduje, że nie dokona on rozcięcia DNA, co powoduje, że np. u dwóch różnych osób powstanie różna ilość fragmentów DNA, będących produktami rozkładu pierwotnej cząsteczki. Fragmenty te będą się także różnić wielkością. Elektroforeza umożliwi rozróżnienie wielkości tych fragmentów, co będzie widoczne jako różnica w ilości i położeniu poszczególnych prążków na elektroforogramie.
Przypatrzmy się hipotetycznym sekwencjom DNA na które podziałał hipotetyczny enzym restrykcyjny o powinowactwie do tetrameru AATT, rozcinanego w połowie:
sekwencja 1
fragment1-AATT-fragment2-AATT-fragment3
sekwencja 2
fragment1-AATT-fragment2-AATG-fragment3
(dla uproszczenia nie pokazano nici komplementarnej)
Jak widać, odpowiednik tetrameru AATT w sekwencji drugiej zmutował, tworząc nierozpoznawany przez restryktazę tetramer AATG. W związku z tym efektem trawienia sekwencji 1 będą następujące fragmenty:
fragment1-AA
TT-fragment2-AA
TT-fragment3
Natomiast trawienie sekwencji 2, ze względu na brak cięcia w drugim tetramerze, będzie się przedstawiało następująco:
fragment1-AA
TT-fragment2-AATG-fragment3
Jeżeli przyjmiemy, że długość fragmentu1 < długość fragmentu2 < fragmentu3, to w wyniku elektroforezy produktów trawienia sekwencji 1 uzyskamy trzy prążki, ułożone (względem miejsca startu elektroforezy) w następującej kolejności: sekwencja zawierająca fragment3, sekwencja zawierająca fragment2 i sekwencja zwierająca fragment1. Natomiast w przypadku produktów trawienia sekwencji 2 uzyskujemy tylko dwa prążki, przy czym prążek odpowiadający sekwencji zawierającej fragment1 znajdzie się na tym samym poziomie (tak samo daleko) jak taka sama sekwencja będąca produktem rozkładu sekwencji 1. Z kolei sekwencja zawierająca łącznie fragment2 i fragment3, jako najdłuższa, znajdzie się najbliżej miejsca startu elektroforezy.
Analiza długości fragmentów restrykcyjnych jest używana do określania podobieństwa DNA, np. w medycynie sądowej, do ustalania pokrewieństwa (dochodzenie ojcostwa) itp.
