FokI
Z Wikipedii
FokI (wym. "fok jeden") - enzym, endonukleaza restrykcyjna typu IIS, wyizolowana po raz pierwszy ze szczepu Flavobacterium okeanokoites[1].
W biologii molekularnej FokI jest używane jako enzym restrykcyjny. Po związaniu DNA, poprzez swoją domenę wiążącą, enzym rozpoznaje sekwencję 5'-GGATG-3' (nić komplementarna 3'-CCTAC-5') po czym domena endonukleazowa przecina nici DNA już w sposób niespecyficzny, pomiędzy dziewiątym a trzynastym nukleotydem w dół nici[2]. Enzym jest aktywny w formie homodimeru[3].
Spis treści |
[edytuj] Struktura
Enzym ma masę molekularną 65,4 kDa i zbudowany jest z 587 aminokwasów.
[edytuj] Domena wiążąca DNA
Domena ta zbudowana jest z trzech subdomen (D1, D2, D3), które ewolucyjnie są powiązane z domeną wiążącą DNA białka aktywującego geny kataboliczne z motywem helisa-zwrot-helisa[2].
[edytuj] Domena endonukleazowa
Cięcie DNA wykonywane jest przez niespecyficzną domenę, która także jest miejscem styku monomerów kompleksu. Dimer formowany jest przez równoległe alfa helisy α4 i α5 oraz dwie pętle P1 i P2 domeny tnącej[2].
[edytuj] Aktywność
Enzym niezwiązany do DNA, ma domenę endonukleazową odseparowaną przez domenę wiążącą DNA, która jest zwalniana wskutek zmian konformacyjnych po związaniu DNA w miejscu restrykcyjnym. Cięcie może zajśc dopiero po dimeryzacji do homodimeru, kiedy domeny endonukleazowe oddziaływują ze sobą. Do aktywności wymagane są także jony magnezu[3].
[edytuj] Wykorzystanie
Niezależność od siebie domeny rozpoznającej i wiążacej miejsce restrykcyjne oraz domeny o właściwej aktywności endonukleazowej, pozwoliło na łączenie tej ostatniej (rekombinowanie) z innymi domenami wiążącymi, pochodzącymi z innych enzymów i mających inne struktury[1]. W taki sposób możliwe jest tworzenie pochodnych enzymów o zmienionych właściwościach rozpoznawania miejsc specyficznych.
Przypisy
- ↑ 1,0 1,1 Durai S., Mani M., Kandavelou K., Wu J., Porteus MH., Chandrasegaran S. Zinc finger nucleases: custom-designed molecular scissors for genome engineering of plant and mammalian cells.. Nucleic Acids Res. 33, 18, 5978-90. 2005. doi:10.1093/nar/gki912. PMID 16251401.
- ↑ 2,0 2,1 2,2 Wah DA., Bitinaite J., Schildkraut I., Aggarwal AK. Structure of FokI has implications for DNA cleavage.. Proc Natl Acad Sci U S A. Sep 1;95, 18, 10564-9. 1998. PMID 9724743.
- ↑ 3,0 3,1 Bitinaite J., Wah DA., Aggarwal AK., Schildkraut I. FokI dimerization is required for DNA cleavage.. Proc Natl Acad Sci U S A. Sep 1;95, 18, 10570-5. 1998. PMID 9724744.
