Antyczne DNA

Z Wikipedii

Pokrzyżowane i porozgałęziane, mające około 4000 lat DNA wyizolowane z wątroby straroegipskiego kapłana Nekht-Ankh

Antyczne DNA (aDNA) – każde DNA, które nie zostało specjalnie zachowane do późniejszych analiz. Do aDNA zaliczamy wszelkie DNA izolowane z historycznych czy paleologicznych próbek, które wyizolowano w celu analizy. Docelową analizą jest sekwencjonowanie DNA.

Wstępne wyniki analizy aDNA mogą być dostarczane przez PCR. Największy projekt związany z aDNA to próba określenia sekwencji genomu Neandertalczyka. Potencjalnie materiał do badań aDNA to każdy materiał, gdzie DNA mógł zostać zachowany od postaci nienaruszonej do krótkich poszatkowanych fragmentów, lub nawet chemicznie zmodyfikowanych fragmentów. Analizę aDNA utrudnia często duże zanieczyszczenie materiału badawczego przez obce DNA od DNA mikroorganizmów do DNA badaczy. aDNA w odpowiednich warunkach jest dość stabilną cząsteczką, wynika to poniekąd z jego wyewoluowanej funkcji jako najbardziej stabilnego nośnika informacji genetycznej. aDNA izolowano z kości mumii, zębów, bursztynu, włosów, czy zmrożonych tkanek, np. Ötzi czy mamutów. Postęp w badaniach nad aDNA nakłada na badaczy przeszłości, tzn. archeologów i paleobiologów, nowe wymagania dotyczące eksploracji stanowisk zmniejszające prawdopodobieństwo zainfekowania potencjalnych próbek współczesnym DNA. Już teraz analiza aDNA jest dokładną metodą wyjaśniającą wiele nierozwiązanych zagadek i pytań historii. aDNA jest też dowodem w sądzie i materiałem kryminalistyki.

[edytuj] Linki - literatura

• http://www.2think.org/neanderthaldna.shtml
• Geologically ancient DNA:fact or artefact? Martin B. Hebsgaard [1]

[edytuj] Literatura

Ta sekcja wymaga dopracowania zgodnie z zaleceniami edycyjnymi. Należy w niej poprawić: wydzielił sekcje literatury podstawowej i uzupełniającej, w tej formie jest to niewyraźny blok, przez który trudno sie przedrzeć. Dokładniejsze informacje o tym, co należy poprawić, być może znajdziesz na stronie dyskusji tego artykułu. Po naprawieniu wszystkich błędów można usunąć tę wiadomość.

• An C-C, Li Y, Zhu Y-X. . 1995. Molecular cloning and sequencing of the 18S rDNA from specialized dinosaur egg fossil found in Xixia Henan, China. Acta Sci Nat Univ Pekinensis 31:140-147
• AS Bouwman, TA Brown: The limits of biomolecular palaeopathology: ancient DNA cannot be used to study venereal syphilis. In: Journal of Archaeological Science. 32/2005. S. 703–713.
• H. Ellegren: Gamla gener guldgruva för historiker. In: Forskning & Framsteg. 6/1994. S. 21–26
• Baker LE. 2001. Mitochondrial DNA haplotype and sequence analysis of historic Choctaw and Menominee hair shaft samples. PhD Thesis. University of Tennessee, Knoxville.
• Barnes I, Holton K, Vaira D, Spigelman M, Thomas MG. 2000. An assessment of the long-term preservation of the DNA of a bacterial pathogen in ethanol-preserved archival material. J Pathol 192:554-559
• Basler CF, Reid AH, Dybing JK, Janczewski T A, Fanning TG, Zheng H, Salvatore M, Perdue ML, Swayne DE, Garcia-Sastre A, Palese P, Taubenberger JK. 2001. Sequence of the 1918 pandemic influenza virus non-structural gene (NS) segment and characterization of recombinant viruses bearing the 1918 NS genes. Proc Natl Acad Sci USA 98:2746-2751
• Cano RJ, Poinar H, Poinar Jr GO. 1992a. Isolation and partial characterisation of DNA from the bee Problebeia dominicana (Apidae:Hymenoptera) in 25-40 million year old amber. Med Sci Res 20:249-251
• Cano RJ, Poinar HN, Roubik DW, Poinar Jr GO. 1992b. Enzymatic amplification and nucleotide sequencing of portions of the 18S rRNA gene of the bee Problebeia dominicana (Apidae:Hymenoptera) isolated from 25-40 million year old Dominican amber. Med Sci Res 20:619-622
• Cano RJ, Borucki MK, Higby-Schweitzer M, Poinar HN, Poinar GO Jr, Pollard KJ. 1994. Bacillus DNA in fossil bees: an ancient symbiosis? Appl Environ Microbiol 60:2164-167
• Cooper A, Mourer-Chauviré C, Chambers GK, von Haeseler A, Wilson A, Pääbo S. 1992. Independent origins of New Zealand moas and kiwis. Proc Natl Acad Sci USA 89:8741-8744

Crichton Jurassic Park

• DeSalle R, Gatesy J, Wheeler W, Grimaldi D. 1992. DNA sequences from a fossil termite in Oligo-Miocene amber and their phylogenetic implications. Science 257:1933-1936
• DeSalle R, Grimaldi D. 1994. Very old DNA. Curr Opin Genet Dev 4:810-815
• DeSalle R, Barcia M, Wray C. 1993. PCR jumping in clones of 30-million-year-old DNA fragments from amber preserved termites (Mastotermes electrodominicus). Experientia 49:906-909
• Donoghue HD, Spigelman M, Zias J, Gernaey-Child AM, Minnikin DE. 1998. Mycobacterium tuberculosis complex DNA in calcified pleura from remains 1400 years old. Lett Appl Microbiol 27:265-269
• Dumolin-Lapegue S, Pemonge H-M, Gielly L, Taberlet P, Petit RJ. 1999. Amplification of oak DNA from ancient and modern wood. Mol Ecol 8:2137-2140
• Fish SA, Shepherd TJ, McGenity TJ, Grant WD. 2002. Recovery of 16S ribosomal RNA gene fragments from ancient halite. Nature 417:432-436
• Gilbert MTP, Wilson AS, Bunce M, Hansen AJ, Willerslev E, Shapiro B, Higham TFG, Richards MP, O’Connell TC, Tobin DJ, Janaway RC, Cooper A. 2004. Ancient mitochondrial DNA from hair. Current Biology 14:R463-464
• Golenberg EM. 1991. Amplification and analysis of Miocene plant fossil DNA. Philos Trans R Soc Lond B 333:419-26; discussion 426-7
• Golenberg EM, Giannasi DE, Clegg MT, Smiley CJ, Durbin M, Henderson D, Zurawski G. 1990. Chloroplast DNA sequence from a Miocene Magnolia species. Nature 344:656-658
• Goloubinoff P, Pääbo S, Wilson AC. 1993. Evolution of maize inferred from sequence diversity of an Adh2 gene segment from archaeological specimens. Proc Natl Acad Sci U S A 90:1997-2001
• Hagelberg E, Sykes B, Hedges R. 1989. Ancient bone DNA amplified. Nature 342: 485
• Hagelberg E, Thomas MG, Cook Jr CE, Sher AV, Baryshnikov GF, Lister AM. 1994. DNA from ancient mammoth bones. Nature 370:333-334
• Handt O, Richards M, Trommsdorf M, Kilger C, Simanainen J, Georgiev O, Bauer K, Stone A, Hedges R, Schaffner W, Utermann G, Sykes B, Pääbo S. 1994b. Molecular genetic analyses of the Tyrolean Ice Man. Science 264:1775-1778
• Hänni C, Laudet V, Coll J, Stehelin D. 1994a. An unusual mitochondrial DNA sequence variant from an Egyptian mummy. Genomics 22:487-489
• Hänni C, Laudet V, Stehelin D, Taberlet P. 1994b. Tracking the origins of the cave bear (Ursus spelaeus) by mitochondrial DNA sequenceing. Proc Natl Acad Sci USA 91:12336-12340
• Higuchi R, Bowman B, Freiberger M, Ryder OA, Wilson AC. 1984. DNA sequences from the quagga, and extinct member of the horse family. Nature 312:282-284
• Hofreiter M, Poinar HN, Spaulding WG, Bauer K, Martin PS, Possnert G, Pääbo S. 2000. A molecular analysis of ground sloth diet through the last glaciation. Mol Ecol 9:1975-1984
• I. Marota, C. Basile, M. Ubaldi, F. Rollo: DNA decay rate in papyri and human remains from Egyptian archaeological sites. In: American Journal of Physical
• Jackson PJ, Hugh-Jones ME, Adair DM, Green G, Hill KK, Kuske CR, Grinberg LM, Abramova FA, Keim P. 1998. PCR analysis of tissue samples from the 1979 Sverdlovsk anthrax victims: the presence of multiple Bacillus anthracis strains in different victims. Proc Natl Acad Sci USA 95:1224-1229
• JJ Austin, AJ Ross, AB Smith, RA Fortey, RH Thomas: Problems of reproducibility – does geologically ancient DNA survive in amber-preserved insects?. In: Proceedings of the Royal Society London. 264/1997. S. 467–474.
• Junqueira ACM, Lessinger AC, Azeredo-Espin AML. 2002. Methods for the recovery of mitochondrial DNA sequences from museum specimens of myiasis-causing flies. Med Vet Entomol 16:39-45
• K. Anslinger, G. Weichhold, W. Keil, B. Bayer, W. Eisenmenger: Identification of the skeletal remains of Martin Bormann by mtDNA analysis. In: International Journal of Legal Medicine. 114/2001. S. 194–196.
• Küch M, Rohland N, Betancourt JL, Latorre C, Steppan S, Poinar HN. 2002. Molecular analysis of an 11,700-year-old rodent midden from the Atacama Desert, Chile. Mol Ecol 11:913-924
• Li Y, An C-C, Zhu Y-X. 1995. DNA isolation and sequence analysis of dinosaur DNA from Cretaceous dinosaur egg in Xixia Henan, China. Acta Sci Nat Univ Pekinensis 31:148-152
• Lindahl T. 1993. Recovery of antediluvian DNA. Nature 365:700
• M. Krings, A. Stone, RW Schmitz, H. Krainitzki, M. Stoneking, S. Pääbo: Neandertal DNA Sequences and the Origin of Modern Humans. In: Cell. 90/1997. S. 19–30. ([2])
• Montiel R, Malgosa A, Francalacci P. 2001. Authenticating ancient human mitochondrial DNA. Hum Biol 73:689-713
• Mullis KB, Faloona F. 1987. Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase-catalysed chain reaction. Methods Enzymol 155:335-350
• Pääbo S. 1985a. Preservation of DNA in ancient Egyptian mummies. J Archeol Sci 12:411-417
• Pääbo S. 1985b. Molecular cloning of ancient Egyptian mummy DNA. Nature. 314:644-645
• Pääbo S. 1986. Molecular genetic investigations of ancient human remains. Cold Spring Harbour Symp Quant Biol. 51:441-446
• Poinar H, Cano R, Poinar G. 1993. DNA from an extinct plant. Nature 363:677
• Poinar H, Hofreiter M, Spaulding G, Martin P, Stankiewicz A, Bland H, Evershed R, Possnert G, Pääbo S. 1998. Molecular coproscopy: Dung and diet of the extinct ground sloth Nothrotheriops shastensis. Science 281:402-406
• Poinar HN, Küch M, Sobolik KD, Barnes I, Stankiewicz AB, Kuder T, Spaulding WG, Bryant VM, Cooper A, Pääbo S. 2001. A molecular analysis of dietary diversity for three archaic Native Americans. Proc Natl Acad Sci USA 98:4317-4322
• Saiki RK, Gelfand DH, Stoffel S, Scharf SJ, Higuchi R, Horn GT, Mullis KB, Erlich HA. 1988. Primer-directed enzymatic amplification of DNA with thermostable DNA polymerase. Science 239:487-491
• Taubenberger JK, Reid AH, Krafft AE, Bijwaard KE, Fanning TG. 1997. Initial genetic characterization of the 1918 “Spanish” Influenza virus. Science 275:1793-1796
• Thomas RH, Schaffner W, Wilson AC, Pääbo. 1989. DNA phylogeny of the extinct marsupial wolf. Nature 340:465-7
• Vreeland RH, Rozenwieg WD, Powers DW. 2000. Isolation of a 250 million-year-old halotolerant bacterium from a primary salt crystal. Nature 407, 897-900
• Willerslev E, Hansen AJ, Binladen J, Brandt TB, Gilbert MTP, Shapiro B, Bunce M, Wiuf C, Gilichinsky DA, Cooper A. 2003. Diverse plant and animal genetic records from Holocene and Pleistocene sediments. Science 300:791-795
• Woodward SR, Weyand NJ, Bunnell M. 1994. DNA sequence from Cretaceous period bone fragments. Science 266:1229-1232
• Willerslev E, Cooper A. 2005. Ancient DNA (Review Paper) Proc. R.Soc. B.272 3-16

]