Otwarta ramka odczytu

Z Wikipedii

Otwarta ramka odczytu lub ORF (z ang. Open Reading Frame) jest każdą sekwencją DNA lub RNA, która może ulec translacji na białko. W genie ORF mieści się pomiędzy kodonem 'START' (lub sekwencją START), a kodonem 'STOP'. ORF-y odnajduje się zwykle podczas przeczesywania sekwencji DNA przy poszukiwaniu potencjalnych genów. Dla różnych organizmów, z powodu różnorodności sekwencji 'START' istnieją zatem różne ORF-y. Typowy algorytm poszukiwania ORF uwzględni zatem kod genetyczny danego organizmu (łącznie z możliwymi jego odmianami) i wyszuka wszelkie możliwe ORF (z czego nie wszystkie muszą być prawidłowe).

W rzeczywistości, obecność ORF, szczególnie długiego, jest zazwyczaj dowodem na obecność genu, gdzieś w okolicznej sekwencji. W takim wypadku ORF jest częścią sekwencji kodującej, podlegającej translacji przez rybosomy. Jednak można spotkać także ORF-y nie będące częścią genu - zazwyczaj są one krótkie i kończą się zaledwie po kilku kodonach.

Po sekwencjonowaniu genu jest bardzo ważne, żeby wyznaczyć jego ORF. Dla organizmów z dwuniciowym DNA jego sekwencja może być odczytana na sześć różnych sposobów - trzy na nici wiodącej i trzy na nici opóźnionej. Zazwyczaj najdłuższa sekwencja, nie przerwana kodonem 'STOP' w obrębie genu jest jego ORF-em. Jakkolwiek sprawdza się to dla prokariota, u eukariota sprawa komplikuje się, gdyż ich geny zawierają długie sekwencje niekodujące - introny. ORF dla takich genów odnajduje się badając zazwyczaj mRNA będące ich produktem.

[edytuj] Linki zewnętrzne

• NCBI ORF finder - Narzędzie do przewidywania i analizowania ORFów z sekwencji nukleotydowej.