Polimorfismo de un solo nucleótido

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Un polimorfismo de un solo nucleótido o SNP (Single Nucleotide Polymorphism, pronunciado esnip) es una variación en la secuencia de ADN que afecta a un solo nucleótido (adenina (A), timina (T), citosina (C) o guanina (G)) del genoma. Por ejemplo, un SNP puede hacer que la secuencia AAGCCTA pase a ser AAGCTTA. Una de estas variaciones debe darse al menos en un 1% de la población para ser considerada como un SNP.

Los SNP forman hasta el 90% de todas las variaciones genómicas humanas, y aparecen cada 100--300 bases a lo largo del genoma humano. Dos tercios de los SNP corresponden a la sustitución de una citosina (C) por una timina (T). Estas variaciones en la secuencia del ADN pueden afectar a la respuesta de los individuos a enfermedades, bacterias, virus, productos químicos, fármacos, etc.

Los SNP son de gran utilidad para la investigación médica en el desarrollo de fármacos. Debido a que los SNP no cambian mucho de una generación a otra, es sencillo seguir su evolución en estudios de poblaciones. También se utilizan en algunos tipos de pruebas genéticas.

Los SNP se consideran una forma de mutación puntual que ha sido lo suficientemente exitosa evolutivamente para fijarse en una parte significativa de la población de una especie.

[editar] Ejemplo

Un buen ejemplo de SNP son los alelos de los grupos sanguíneos humanos.

El gen de los grupos sanguíneos consta de 1062 pares de bases, divididas en seis exones, en el cromosoma 9. Este gen codifica una enzima denominada galactosil transferasa que tiene la capacidad de añadir galactosa (un monosacárido) a una molécula, por ejemplo, una proteína. La diferencia entre el grupo A y el B es de siete pares de bases, de las que tres son neutras (no afectan al aminoácido codificado) y las otras cuatro son las que determinan la diferencia: en las posiciones 523, 700, 793 y 800 de este gen, las personas de grupo A poseen las letras C, G, C, G; las del grupo B, poseen G, A, A, C. Aún existen otras combinaciones, por ejemplo, algunas personas del grupo A tienen letras del grupo B y viceversa. En cuanto al grupo O, las personas que lo poseen sólo tiene un cambio, pero en este caso no se trata de una sustitución, sino de una deleción, es decir, de la ausencia de la letra 258, que debería ser una G. En estas personas, la lectura del ADN se desplaza una letra y el mensaje se cambia por completo y no se sintetiza esa enzima. En este caso, el efecto de este cambio en las personas de grupo O no tiene mayores consecuencias, aunque se ha encontrado una correlación con la resistencia a ciertas enfermedades.

[editar] Detección

Un método extendido para la detección de SNP es el de polimorfismo en la longitud de fragmentos de restricción (SNP-RFLP). Si un alelo contiene un punto de reconocimiento para una enzima de restricción mientras que otro no, la digestión de los dos alelos genera fragmentos de diferente longitud. Si no existe este punto discriminatorio para la enzima de restricción, a menudo puede introducirse mediante una reacción en cadena de la polimerasa (PCR).

Se nombran otros métodos de detección de SNP en el artículo publicado en Octubre de 2005 en Nature por el Proyecto HapMap.

[editar] Referencias

• Información sobre el Proyecto Genoma Humano. SNP Fact Sheet.
• Este artículo incorpora texto de Evolutionibus, publicada bajo licencia libre.

[editar] Enlaces externos

• The SNP Consortium LTD. Búsqueda de SNP.
• NCBI dbSNP database. Fuente principal tanto de sustituciones de una sola base como de deleciones e inserciones cortas polimórficas.
• International HapMap Project. Un recurso público que ayuda a los investigadores a encontrar genes asociados con enfermedades humanas y respuesta a fármacos.
• Glovar Variation Browser. Información sobre variación en un contexto genómico.
• WatCut. Herramienta en línea para el diseño de ensayos SNP-RFLP.
• Restriction HomePage. Conjunto de herramientas para tratamiento del DNA con enzimas de restricción y detección de SNP, incluyendo diseño de cebadores mutagénicos.