Drzewo filogenetyczne
Z Wikipedii
Drzewo filogenetyczne lub drzewo rodowe - tak jak pokrewieństwo w rodzie ludzkim obrazuje drzewo genealogiczne tak pokrewieństwo wszystkich organizmów żywych pokazuje (realistycznie rzecz ujmując stara się pokazać) drzewo filogenetyczne. Jest to rodzaj dendrogramu w którym podstawa (pień) drzewa filogenetycznego symbolizuje wspólnego przodka taksonów znajdujących się wyżej (czyli bardziej współczesnych i wyżej stojących ewolucyjnie), konary odpowiadają taksonom potomnym; długość gałęzi a czasem również kąt pomiędzy nimi, określają tempo zachodzących przemian ewolucyjnych. Zazwyczaj na takim schemacie uwzględnia się także taksony wymarłe. Są one oznaczone krzyżykiem.
Spis treści |
[edytuj] Historia
Już starożytni uczeni (Arystoteles) zauważyli że organizmy można podzielić pod względem stopnia komplikacji budowy na prostsze i bardziej złożone, mające krew czerwoną i nie mające krwi. Wyróżniane grupy organizmów przedstawiano rysując coś w rodzaju drabiny, gdzie na wyższych szczeblach umieszczano organizmy wyżej stojące (wg rysującego). Bardzo popularne były też przedstawienia w układzie dychotomicznym. Takie rysunki nie miały pokazywać pokrewieństwa, miały jedynie ułatwiać klasyfikację i zapamiętywanie. Arystoteles znał około 520 gatunków natomiast Linneusz już 7-8 tys. Dendrogramy coraz bardziej się komplikowały i coraz bardziej przypominały drzewo. Dopiero rozwój teorii ewolucji i postawienie wprost pytania, kto z kim jest spokrewniony pozwoliło na stworzenie pierwszych drzew filogenetycznych. Karol Darwin swoją próbę przedstawienia filogenetycznego pokrewieństwa nazwał „Drzewem życia”. Budowa tego drzewa trwa do dziś. Zajmuje się tym kladystyka (taksonomia filogenetyczna), dziedzina współczesnej systematyki). Jest to ważne zagadnienie gdyż współczesna systematyka, w odróżnieniu od dawniejszej (np. w czasach Linneusza) opierającej się na podobieństwie (systematyka sztuczna), opiera się przede wszystkim na pokrewieństwie (systematyka naturalna)).
[edytuj] Najważniejsze cechy
Istotą drzewa filogenetycznego jest to, że pokazuje pokrewieństwo ewolucyjne umieszczonych na nim taksonów. Sposób zobrazowania tego, ma znaczenie drugorzędne. Najdokładniejsze drzewa mają postać gałęzi zaczynającej się w lewym dolnym rogu i różnymi odgałęzieniami ciągnącej się do rogu górnego prawego. Oś wysokości bywa wtedy wyskalowana w okresach geologicznych. Na takim drzewie można przedstawić nie tylko pokrewieństwo ale również kiedy dana grupa organizmów się wyodrębniła, kiedy wymarła (jeśli wymarła) oraz jak liczna była w poszczególnych epokach w gatunki (obrazuje to grubość gałęzi). Zależnie od potrzeb przygotowuje się drzewa filogenetyczne wszystkich organizmów żywych lub tylko wybranych taksonów np. tylko strunowców albo tylko paprotników. Mówimy wtedy o drzewie rodowym strunowców lub o drzewie filogenetycznym paprotników.
[edytuj] Pokrewieństwo
Początkowo jedynym wyznacznikiem pokrewieństwa było podobieństwo morfologiczne. Po odkryciu przez Haeckela prawa rekapitulacji zaczęto uwzględniać embriologię, jeszcze później genetykę i immunologię. Ostatnio, zwłaszcza porównywanie sekwencji kwasów nukleinowych np. z mitochondriów jest uznawane za bardzo precyzyjny i wiarygodny wyznacznik stopnia pokrewieństwa pozwalający dodatkowo wyznaczyć w przeszłości czas powstania mutacji/specjacji. Badania te pozwalają także na wykrycie horyzontalnego transferu genów, jak również na odróżnienie paralogów od ortologów. Dzięki coraz dokładniejszym analizom wielokrotnie okazywało się że uznawane powszechnie podobieństwa miały jedynie charakter konwergencji a co za tym idzie dotychczasowa lokalizacja gatunku a nawet większych grup systematycznych okazywała się błędna. Ponieważ liczba istniejących na ziemi organizmów jest bardzo duża i nie sposób ich wszystkich w krótkim czasie przebadać wszechstronnie, nie należy się dziwić że ta sama grupa systematyczna w różnych opracowaniach będzie miała różne położenie.
[edytuj] Trudności z ustaleniem pokrewieństwa
Problemy z budową drzewa wynikają z przyjętej metodyki badań. Kladystyka umożliwia dokładne ustalenie pokrewieństwa ewolucyjnego, jednak wymaga wielu danych, z różnych powodów, często niedostępnych. Dlatego mimo gwałtownego rozwoju w ostatnich latach taksonomii filogenetycznej układ gałęzi (kladów) drzewa filogenetycznego wszystkich organizmów żywych w wielu miejscach jest wciąż wątpliwy i wciąż trzeba spodziewać się wielu zmian, także tych radykalnych.
Dużym problemem są sytuacje, kiedy organizm powstaje z połączenia dwóch innych, słabo spokrewnionych. W niektórych przypadkach można przyjąć jednego z przodków jako "dominującego" i z niego wyprowadzić pochodzenie potomka, np. uznać porosty za pochodzące od grzybów, a organizmy powstałe z połączenia bezmitochondrialnycheukariotów i pewnych bakterii jako pochodzące od tych pierwszych. Nie zawsze jednak takie postępowanie jest możliwe. Wiele gatunków roślin nasiennych powstaje przez skrzyżowanie dwóch różnych gatunków, jednak tak blisko spokrewnionych że trudno ustalić przyczynę i kolejność powstania różnic.
[edytuj] „Korzeń” drzewa filogenetycznego
Zwłaszcza wiele kontrowersji wzbudza okres początkowy powstania życia. Powszechna w organizmach żywych obecność białek oraz kwasów nukleinowych wskazuje na to, że wszystkie współcześnie żyjące (i kopalne) organizmy wywodzą się od wspólnego przodka. Jednak 4 miliardy lat dzielące nas od tego momentu dają duże pole spekulacjom, pomysłom i hipotezom. Współcześnie przyjmuje się że na samym dole znajdują się bakterie oraz archeany z których wywodzą się eukarionty. Archeany bez eukariotów stanowią grupę parafiletyczną. Dużym problemem jest także ustalenie pokrewieństwa wirusów (pomijając kwestię czy są to organizmy żywe). Nie odkryto dotąd żadnych skamieniałości wirusów, a ich genom jest niewielki i zawiera bardzo niewiele nieużywanych fragmentów, będących zwykle podstawą do badań pokrewieństwa organizmów. Udało się połączyć wirusy w pewne wiarygodnie pokrewne grupy, jednak nie można ich jak dotąd, ani połączyć we wspólne drzewo, ani też jednoznacznie wywieść z innych grup organizmów. Prawdopodobnie wirusy stanowią takson polifiletyczny. Istnieje kilka teorii, wzajemnie się niewykluczających, wyjaśniających pochodzenie wirusów. Mówią one m.in. że:
- są to wtórnie uproszczone organizmy pasożytnicze,
- są to pozostałości pierwotnych bardzo prostych organizmów,
- powstały one w wyniku mutacji genomu organizmu, który później stał się ich gospodarzem i sam zaczął produkować wirusa. Można powiedzieć, że wirusy wg tej teorii to rodzaj zaraźliwego nowotworu.
