Filogenia

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A biologia filogenética (grego: phylon = tribo, raça e genetikos = relativo o nascimento, de gênese=nascimento) é o estudo das relações evolutivas entre vários grupos de organismos (por exemplo, espécies, populações). Também conhecida como sistemática filogenética, estuda como os grupo de indivíduos de linhagens conectadas mudam ao passar do tempo. Taxonomia filogenética, a qual é uma derivação, mas não uma conseqüência lógica da sistemática filogenética, constitui meios de classificar grupos de organismos de acordo com seu grau de relação evolutiva.

Filogenia (ou filogênese) é a origem e evolução de um jogo de organismos, normalmente um jogo de espécies. Uma tarefa principal da sistemática é determinar as relações ancestrais entre espécies conhecidas (ambas as que vivem e as extintas). Comumente métodos usados para deduzir filogênese incluem parcimônia, probabilidade de máximo, e conclusão de Bayesian baseada no MCMC (Monte. Carlo em Cadeias de Markov). Métodos baseados em distância constroem árvores baseadas em semelhança global que é assumida freqüentemente e que aproxima relações filogenéticas. Todos os métodos dependem de um modelo matemático implícito ou explícito que descreve a evolução de caráter observado nas espécies incluídas, e é normalmente usado para filogenia molecular onde o nucleotídeo alinhado às sucessões de aminoácidos definem o caráter.

Na parte final do século XIX, a teoria da recapitulação, ou a lei biogenética de Haeckel, foi amplamente aceita. Esta teoria foi expressa como a "ontogenia recapitula a filogenia", isto é, o desenvolvimento de um organismo reflete exatamente o desenvolvimento evolucionário das espécies. Esta teoria perdeu apoiantes no início do século XX por ser incompatível com a evolução e com a genética, estabelecidas por Charles Darwin e Gregor Mendel, respectivamente.

[editar] Transferência de gene

Organismos geralmente podem herdar genes de dois modos: através de transferência de gene vertical, de pai para o descendente, ou por transferência de gene lateral, na qual genes pulam para dentro de organismos sem conexão, um fenômeno comum em Procariontes. Carl Woese propôs a teoria de três domínios de vida (Eubacteria, Archaea e Eucariontes) baseado na descoberta que os genes que codificam RNAr são antigos e se distribuíram em cima de todas as linhagens de vida com pequenas ou nenhuma transferência de gene lateral. Então são recomendados RNAr comumente como relógios moleculares para reconstruir filogenias. Isto foi particularmente útil para a filogenia de microorganismos para os quais o conceito de espécies não se aplica e que são muito morfologicamente simples ser classificado baseado em características fenótipicas.

[editar] Provando o táxon

Devido ao desenvolvimento de técnicas de sequenciamento avançadas em biologia molecular, ficou possível juntar quantias grandes de dados (DNA ou sucessões de aminoácidos) e calcular a filogenia. Por exemplo, não é raro achar estudos com matrizes de caráter baseado em genomas de mitocôndrias. Porém, foi proposto que seja mais importante aumentar o número da taxa na matriz que aumentar o número de características, porque quanto maior a taxa, mais robusto é a filogenia resultante. Isto em parte é devido ao rompimento para cima de filiais longas. Foi discutido que esta é uma razão importante para incorporar dados de fósseis onde for possível em filogenia.