EcoRII
Z Wikipedii
EcoRII (wym. "eko er dwa") - enzym, endonukleaza, wyizolowana ze szczepu R245 bakterii E.coli, w których jest składnikiem systemu modyfikacji restrykcyjnych. Ma masę molową 42,5 kDa i zbudowana jest z 402 aminokwasów[1].
Spis treści |
[edytuj] Mechanizm działania
EcoRII jest endonukleazą restrykcyjną typu IIE[2], która oddziałuje z dwoma[3] lub trzema[4] kopiami pseudopalindromicznej sekwencji dwuniciowego DNA, gdzie jedna z nich jest substratem cięcia, a pozostała (pozostałe) służy jako aktywator allosteryczny. Przy cięciu DNA enzym tworzy lepkie końce. Sekwencją rozpoznawaną i ciętą przez enzym jest sekwencja 5'-NN▼CCWGGNN-3' (nić komplementarna 3'-NNGGWCC▲NN-5', gdzie W to A lub T, a N oznacza dowolny nukleotyd)[5].
[edytuj] Struktura
Na podstawie badań rentgenograficznych poznana została struktura enzymu z rozdzielczością 2,1 Å[6]. Monomer enzymu zawiera dwie domeny: N- i C-końcową połączone regionem zawiasowym w postaci pętli.
[edytuj] Domena wiążąca efektor
N-końcowa domena wiążąca sekwencje efektorowe (aktywatorowe) ma archetypowy motyw pseudobaryłki z wyraźną bruzdą. Symulacje przestrzenne wykazały, że jest to motyw ewolucyjnie spokrewniony z:
- wiążącą DNA domeną B3 obecną w czynnikach transkrypcyjnych roślin wyższych[7];
- C-końcową domeną endonukleazy restrykcyjnej BfiI[8].
[edytuj] Domena katalityczna
C-końcowa domena katalityczna ma typowe[9] zgięcie dla endonukleaz restrykcyjnych i należy do dużej (więcej niż 30 członków) superrodziny domen katalitycznych enzymów restrykcyjnych.
[edytuj] Mechanizm autoihnibicji
Dopasowania strukturalne i mutageneza ukierunkowana pozwoliły zidentyfikować w dimerze enzymatycznym domniemane miejsce aktywne z motywem PD..D/EXK. Domena katalityczna w nieaktywnym enzymie (z niezwiązanym DNA) jest przestrzennie zablokowana przez domeny N-końowe[6].
Przypisy
- ↑ Richard J. Roberts: EcoRII (en). W: REBASE - The Restriction Enzyme Database [on-line]. [dostęp 2008-05-28].
- ↑ Roberts RJ, Belfort M, Bestor T, et al. A nomenclature for restriction enzymes, DNA methyltransferases, homing endonucleases and their genes.. Nucleic Acids Res. Apr 1;31, 7, 1805-12. 2003. PMID 12654995.
- ↑ Mücke M., Lurz R., Mackeldanz P., Behlke J., Krüger DH., Reuter M. Imaging DNA loops induced by restriction endonuclease EcoRII. A single amino acid substitution uncouples target recognition from cooperative DNA interaction and cleavage.. J Biol Chem. Sep 29;275, 39, 30631-7. 2000. doi:10.1074/jbc.M003904200. PMID 10903314.
- ↑ Shlyakhtenko LS., Gilmore J., Portillo A., Tamulaitis G., Siksnys V., Lyubchenko YL. Direct visualization of the EcoRII-DNA triple synaptic complex by atomic force microscopy.. Biochemistry. Oct 2;46, 39, 11128-36. 2007. doi:10.1021/bi701123u. PMID 17845057.
- ↑ Anthony J. F. Griffiths: An Introduction to genetic analysis. New York: W.H. Freeman, 1999. ISBN 0-7167-3520-2.
- ↑ 6,0 6,1 Zhou XE., Wang Y., Reuter M., Mücke M., Krüger DH., Meehan EJ., Chen L. Crystal structure of type IIE restriction endonuclease EcoRII reveals an autoinhibition mechanism by a novel effector-binding fold.. J Mol Biol. Jan 2;335, 1, 307-19. 2003. doi:10.1016/j.jmb.2003.10.030. PMID 14659759.
- ↑ Yamasaki K., Kigawa T., Inoue M., Tateno M., Yamasaki T., Yabuki T., Aoki M., Seki E., Matsuda T., Tomo Y., Hayami N., Terada T., Shirouzu M., Osanai T., Tanaka A., Seki M., Shinozaki K., Yokoyama S. Solution structure of the B3 DNA binding domain of the Arabidopsis cold-responsive transcription factor RAV1.. Plant Cell. Dec;16, 12, 3448-59. 2004. doi:10.1105/tpc.104.026112. PMID 15548737.
- ↑ Richard J. Roberts: BfiI. W: REBASE - The Restriction Enzyme Database [on-line]. [dostęp 2008-05-29].
- ↑ Niv MY., Ripoll DR., Vila JA., Liwo A., Vanamee ES., Aggarwal AK., Weinstein H., Scheraga HA. Topology of Type II REases revisited; structural classes and the common conserved core.. Nucleic Acids Res. 35, 7, 2227-37. 2007. doi:10.1093/nar/gkm045. PMID 17369272.
